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01 核定扣除农产品进项税
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号印发）规定，农产品增值税进项税额扣除率为销售货物的适用税率。
因此，2019年4月1日以后，如果你公司销售的货物适用增值税税率为13%，则对应的扣除率为13%；如果销售的货物适用增值税税率为9%，则扣除率为9%。
试点纳税人纳税申报时，应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏的“税额”栏，不填写第6栏“份数”和“金额”数据。
02凭票扣除农产品进项税
增值税一般纳税购进农产品，可凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票抵扣进项税额。
增值税一般纳税人从农业生产者购进农业生产者自产的农产品，可依据收购发票或免税的增值税普通发票，按票面金额*9%计算抵扣进项税；如果购入农产品用于加工适用13%税率的货物的，可以在领用时加计1%计算抵扣进项税；
填表：小保公司为一般纳税人的面包加工企业，2019年5月底收到购入的玉米，取得农业合作社开具销售的一张免税的增值税普通发票100000元。6月10日领用该批玉米加工面包。
该笔业务，5月购入玉米入库时可以抵扣的进项税=100000*9%=9000元；
6月申报时5月的增值税时，增值税申报表附表二第6栏次填列：
6月领用玉米用于生产适用13%税率的面包时，该笔玉米可以加计1%的进项税为100000*1%=1000元；
7月申报6月的增值税时，该笔进项税填列在附表二8a列：
增值税一般纳税人从小规模纳税人处购入农产品，取得开具3%的专用发票的，入库时按发票上不含税金额*9%计算抵扣进项税；领用用于生产13%的货物的，加计抵扣1%的进项税。
增值税一般纳税人购入或进口农产品，取得9%的专用发票的，按发票金额认证抵扣进项税；领用用于生产13%的货物的，加计抵扣1%的进项税。
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